jQuery1.2.6用。別窓開くスクリプトの超簡易サンプル。
aタグを捜査してhrefに書かれたURLがhttpから始まってる場合のみtarget=”_blank”を追加する。

$("a").each(function (i) {
        if ($(this).attr('href').indexOf("http") != -1) {
         $(this).attr('target','_blank');
        }
    });

上のはIEでスルーされたのでwindow.openで分けてみる

$("a").each(function (i) {
        if ($(this).attr('href').indexOf("http") != -1) {
			if(jQuery.browser.msie){
				$(this).attr('onclick','window.open('this.href','status=yes,scrollbars=yes,directories=yes,menubar=yes,resizable=yes,toolbar=yes'); return false;');
			}else{
      		   $(this).attr('target','_blank');
			}
        }
    });